笔写诏书说：“您的意见，有利于国家，我很珍爱，所以赏赐一函黄金，您切莫推让。”

这一年，要在七个州设置官署，秦王担任雍州牧，任命萧瑀为雍州都督。高祖的诏书发到中书省，没有即时执行，高祖责备他们拖拉，萧瑀说：“隋朝末年，内史宣布的诏令常常前后矛盾，各主管官吏不知该听哪种。如今开始创建基业，号令关系到国家安危。每当接到一项诏令，一定要反复核对，对前后统一的，才能下发，这就是滞留的原因。”高祖说：“是那样，我还担心什么呢？”当初，萧瑀在关内的田地房屋都交高祖赏给了功臣，到现在，都还给了他。他全部分给了族人，只留下祠堂祭祀祖先。王世充被消灭后，萧瑀升任尚书右仆射。武德七年(624)，由于“火星”触犯“右执法星”，他要求辞职回避，高祖没有同意。过了很久，改任尚书右仆射。

贞观初年，房玄龄、杜如晦受到太宗皇帝的信任，朝廷职权逐渐分散，萧瑀不能没有怨恨，一有疏漏就猛烈抨击，言辞粗俗浮躁。太宗生气，让他免职回家。

不久，授予他特进头衔、太子少师官职，恢复左仆射职务，给予收纳六百户租税的实封。太宗询问他：“我想永保江山，该怎么办？”萧瑀说“：夏商周三朝能够长久保住天下的办法，都是分封诸侯作为保卫中央的藩国。秦朝设置郡县，两代就灭亡了。汉朝把亲属功臣封为王侯，国运也有四百年。曹魏、晋朝废除分封制，没转过身来就灭亡了。这就是分封制的显著效果。”太宗采纳了这个意见，开始商议分封国公刺史。后来因与陈叔达在朝廷愤怒争执而获不尊重皇上的罪过，被免除官职。年底，起用为晋州都督。后来调回朝廷任太常卿，改任御史大夫，参与朝政。萧瑀议论朝政聪明善辩，但是不能宽容别人的不足，有时存心诡辩观点不一，但他一向法度严谨，房玄龄、魏征、温彦博都不能裁断辩驳，他的意见多数不被采纳，心里也愤愤不平。

碰巧房玄龄等人犯了小错，萧瑀就拼命弹劾，太宗不予理睬，因此反而给自己造成损失，贬为太子少傅，后来授予特进这个空衔，再任太常卿。后来出任河南道巡省大使。贞观九年(635)，又调回朝廷参与政事。

太宗曾说：“武德末年，太上皇有废除建成另立太子的想法，但我立有无法奖赏的功勋，建成、元吉不能容我，萧瑀那时不理他们的利诱威胁，真是个关系国家安危的大臣。”所以写诗赐给他说：“疾风知劲草，版荡识诚臣。”又对萧瑀说“：您守志不移刚直不阿，古人也无法超过，但是善恶分得太清楚了，有时也失去分寸。”萧瑀跪地叩头道歉说“：既承蒙您教导，又肯定我忠诚正直，虽然到了快死的年龄，却如新生一样。”魏征说：“有的臣子违背众人心愿坚持法度，国君认为公正而原谅他；孤立无援坚守节操，君主认为刚直而原谅他。从前听到有关他的传闻，现在才见到他的实际情况。假使萧瑀不是遇到陛下，怎能保全自己呢？”晋王李治立为太子，萧瑀被授予太子太保、同中书门下三品。太宗说：“太子的太师、太傅、太保这三位老师，是用道德教导太子的人，待遇不尊贵，就无处学到礼仪法则。”于是发出诏令“：老师进见太子，太子出门迎接礼拜，老师回拜；进门时，太子推让以后才能进去；老师坐下后，太子才坐下；写作文章前后都要写上名字，并且写上‘惶恐’一词。”

萧瑀平生地位尊贵，但是心胸狭窄。

每到内廷朝见太宗，就反映：“房玄龄一伙人拉帮结派窃取权力，如胶似漆牢不可破，只是还没造反而已。”太宗说：“没有谁比君主更了解臣子，我虽然不算聪慧明智，难道对品评善恶也模糊不清？”