税。后来调任侍中、尚书令、都督、扬州刺史、骠骑大将军、开府仪同三司,封豫章郡王。
正赶上魏朝军队行动,诏令以萧嶷为南蛮校尉、荆湘二州刺史,统领八州。不久赠给油络侠望车。建元二年,赠给仪仗二十人。这年夏天,在南蛮园东南开建楼馆成立学校,上表说明情况。招收学生三十人,录取旧家族中父亲、祖父位居正副台郎的年龄二十五岁以下、十五岁以上的人来补足。设置儒林参军一人,文学祭酒一人,劝学从事二人。对老师行释菜礼。因为谷物价格过贱,允许学生拿米作为抵口钱,优等的每斛抵一百钱。义阳的强盗统率张群亡命多年,击鼓行路进行抢劫,义阳、武陵、天门、南平四郡的边界被他们破坏,沈攸之连年讨伐,没有捉住,于是便以脚当头地加以任用。沈攸之起事,张群随从开往郢都,在路上首先叛变,在三溪集结营寨,倚凭深溪进行拒守。萧嶷派遗中兵参军虞欣祖为义阳太守,让他放下架子去引诱捉拿他,备下厚礼赠给他,于是在座位上把他斩首,他的党羽都逃散,四方各郡获得安宁。
后来入京担任中书监、司空、扬州刺史,统率二州,侍中职务保留不变,增加兵卒,增置僚佐,以军队先锋临川王萧映府中的文武官员配给司空。萧嶷因为将要返回都城,修建官舍和道路,规定东归的部下不许携带州府的东西出城。他从江津出发,前来送行的男女数千人都掉下眼泪。萧嶷从江陵出发感染了疾病,到了都城还没有痊愈,皇上深感忧虑,为此而实行大赦,建元三年(481)六月二十四日的赦令就是。病痊愈后,皇上驾临东府,给他配金石药物,让他乘坐车子到宫中六门散心。
武帝即位后,晋升为太尉,增加兵士和辅佐官员,解去侍中职务,增加仪仗三十人。建元年间,因为武帝办事曾经不合旨意,高帝很有另立太子取代嫡长子的意思。而萧嶷侍奉武帝恭谨尽礼,不曾违抗过他的意见,所以武帝对他爱重很深。他的性格十分孝顺,高帝逝世,哭泣过度,眼睛耳朵都出血了。
永明元年(483),兼任太子太傅,解去了中书监职务。宋武帝以来,州郡的俸禄和各种供给,大多随着当地的出产,没有一定的标准。萧嶷上表请求明文确立标准,分别下达到四方,永远作为固定的制度,被采纳了。萧嶷不参与朝中事务,而言事或者密谋,多被信任采纳。服丧期满,加封侍中。根据宋朝元嘉时期的制度,诸王进入斋阁,可以穿戴白色衣帽拜见君主,只有出了太极殿的四面厢房,才改穿朝服。近世以来,这些规矩都中断了。皇上与萧嶷是同母所生,互相友爱和睦,宫内的私宴,准许依照元嘉时的规矩。萧嶷坚决推辞,不接受命令;只有皇帝的车驾到他的府第去,才穿白色衣服、戴乌纱帽来陪宴。至于衣服制度,常常是一切请示,什么事都不自己独断专行,务求减省,都没有被批准。又请示说:“北面府第中的旧住所,本来是很豪华的,臣往年建了一个小眠斋,都是补接建成的,不违背规格。主要是红柳松柏华美,一时清新干净,东府中又有这样的斋房,也是豪华的房屋,这样臣就顿时有了两处住址,自己心中感到非常不安。听说东宫的玄圃中,有一座柏屋,结构十分古拙,臣就想拆毁拿来献给太子,不过这样不但说明以前做得不对,而且补接很多,不可移动,也怕外面有人会说闲话,不知道可有允许赠送东府斋房的道理么?”皇上答复说:“看到来信,你劳累有病,而且不能行动,为什么还要写那样长篇的文字!”终于没有答应。
永明三年(485),文惠太子讲《孝经》结束,萧嶷请求解除太傅的职务,没有批准。萧嶷常常忧虑事情过于满盈,又利用宴会的机会请求解除自己的扬州刺史职务授给竟陵王萧子良,皇上终于没有答应,说:“你这整个一生,都不要再多说了。”
武帝即位以后,频繁的颁发诏书拜谒皇陵,都没有落实,就派萧嶷去拜陵。回来的时候路过延陵季子庙,观看井水喷涌,有一头水牛冲进自己下属的人群中,值勤的兵士把牛抓住要进行追查,萧嶷不许,拿了绢纱一疋,横系在牛角上,放回到它的家中。他为政宽厚,所以很得朝内外人们的欢心。