率领前将军张永、宁朔将军垣山宝、王宽、员外散骑侍郎张蜫震、萧顺之、龙骧将军张季和、黄文玉等众军北伐。当年五月,萧道成等人驻扎平原。薛索儿等带领骑兵五千布阵抵抗。萧道成等奋击,大败薛索儿。薛索儿又侵掠百姓谷粮,在石梁固守。萧道成又率镇北参军赵昙之、吕湛之进攻。薛索儿看军中无衣无粮,依靠的只是那些人野外掠夺的东西。既然被攻击,无法防守城池,于是薛军溃败,萧道成又在葛家白鹄击败敌人。薛索儿逃向乐平县境内,被申令孙的儿子申孝叔斩首。薛安都的儿子薛道智、大将范双逃向合肥,到南汝阴太守裴季那里请降。
当时武卫将军王广之率军属于刘面力,正在寿阳攻打殷琰,傅灵越逃跑,被王广之的士兵活捉,傅灵越道:“我是傅灵越。你们得到叛军怎么不马上杀掉?”傅被送到刘面力那里。刘面力亲自慰劳他,问他为什么反叛。傅答道:“四海起义,难道只是我一个人吗?”刘面力又问他:“四方反叛人马,每战都被抓住。皇上都加宽容,就他的才能而选用。你为什么不马上归顺朝廷,而在原野上逃命呢?”傅灵越答道:“薛先生在淮北起义,威震天下。只因不能信用智慧勇敢的英雄,而把重任委托给儿子侄子们。这就是失败的原因。然而他的大事的前后,我都参与了。人生终归要死。确实没有脸面请求活下去。”刘面力很敬佩他的勇气,送他到京城,太宗想原谅他。傅灵越还是过去那样说,终究不悔改。于是杀了他。傅灵越是清河人,当时辅国将军,山阴内史程天祚占据本郡响应薛安都,朝廷围攻很长时间,然后才投降。
刘子勋平定后,安都派别驾从事史毕众爱、下邳太守王焕等人带书信给明帝投诚,说:“我是奴才野民,在贵国苟且偷生。承蒙世祖孝武皇帝非常的厚恩。觉得自己应该像狗马那样报答主人,深深感谢孝武帝的恩泽。所以晋安王刘子勋倡议起事,便转向前往投诚,不指望光荣活着,只打算以死报恩。今日天命归心皇上,小人悔改前非。我这里便率领部队,绑缚自己,等待皇上的惩罚。我以前抗拒的罪行,完全由皇上任意处理。”薛索儿死的时候,安都叫柳光世守卫下邳,到这时也率领部下投降,太宗因为四方平定,想在淮北摆摆威风。于是派张永、沈攸之用重兵迎接安都。安都认为既然归顺朝廷,不应该派重兵迎接,害怕免除不了罪行,便派使者联系魏人。三年(467)正月,魏人派博陵公尉迟苟人、城阳公孔伯恭率二万骑兵救援他。张永等人只好退兵。安都开门接受魏兵,魏人马上授予薛安都徐州刺史、河东公。四年(468)三月,召回到桑乾宫。五年(469)在魏国去世,当年六十岁。
当初薛安都起兵时,他的长史兰陵俨暗中想杀安都,被安都杀了。安都未到桑乾宫(魏国皇宫)时,前军将军裴祖隆图谋杀掉尉迟苟人,让彭城归顺朝廷,计划泄露,被杀。员外散骑侍郎孙耿之攻击薛索儿,和刘弥之、张灵庆都战败被杀,这些人都被太宗所哀悼,便追赠兰陵俨光禄勋,祖隆宁朔将军,兖州刺史,孙耿之羽林监,刘弥之辅国将军,青州刺史,灵庆宁朔将军,冀州刺史。
薛安都的儿子伯令、环龙,逃命在梁郡、雍郡二州之间。三年(467),率领亡命之徒几千人袭击广平,抓住了太守刘冥虬,攻顺阳,打下了。另外占有义城、扶风,设置太守县令。雍州刺史巴陵王刘休若派南阳太守张敬儿、新野太守刘攘兵打败他们,都活捉。
之前,东安、东莞二郡太守张谠守卫团城,在彭城东北。开始时响应安都,后来也投降朝廷,太宗用他当东徐州刺史,再被魏人所攻拔。