与此同时，唐朝后期（九世纪中期）起从蒙古原西迁到今天新疆地区的回鹘人的一支昌回鹘。

元、明时期对西藏的辖，众所周知，元朝设置宣政院理西藏地区军政要务，这是西藏正式纳我国版图的开始，元朝还在西藏直接建立地方军政机构，名为“宣使司都元帅府”隶属于宣政院，并驻有军队，行人调查，派遣繇役，征收赋税，明代称西藏为“乌斯藏”洪武时，明朝在西藏设立两个都指挥使司，即乌斯藏都指挥使司及朵甘卫都指挥使司，又设有指挥使司、宣使司、招讨使司、万府、千所等机构，综理军民事务，永乐时，明朝还修了从雅州（今四川雅安）到乌斯藏的驿，设置了驿站，大为便利了西藏与内地的通，西藏盛行喇嘛教，喇嘛教分为许多派别，其中主要是红教和黄教，红教最先兴起，在元代势力很盛，成为西藏最大的教派，明朝永乐年间，青海藏族僧侣宗喀在西藏另创黄教，黄教兴起以后，红教就逐渐衰落下去，永乐时，宗喀的弟释迦也失来京朝见，被封为“大国师”宣德时，释迦也失再度来京，又被封为“大慈法王”所以西藏不但从元朝起就是我国的正式领土，实行有效的统治。

唐代西域概况，唐代安西、北都护府，唐代初年，唐朝军队在消灭回纥、突厥势力时，向角伸向西域，除昌不服统治被消灭以外，西域各国均臣服唐朝政府，不久西域统治由安西都护府及北都护府行理，在西域设立了完备的行政系，将西域划归陇右，并设立安西四镇作为西域地区的主要城市，唐玄宗开元年间曾设立碛西节度使，统辖安西、北两大都护府，自此新疆地区成为唐朝的一分，安史之后，唐朝无力控制西域，西域再次现半独立政权。

而且明朝时对西藏的辖还一步加了，元朝被推翻以后，元朝皇族退回蒙古草原，起初仍保持元朝国号，继帝位者仍称皇帝，历史上叫作“北元”明朝初年，蒙古分裂为鞑靼、瓦剌和兀良哈三大，鞑靼居住在今鄂河、克鲁河以及贝加尔湖一带，瓦剌居住在今科布多河、额尔齐斯河和准噶尔盆地一带，兀良哈居住在今兴安岭以东，松江以西，呼湖以南，西剌木河以北，兀良哈在洪武时归附明朝，明太祖朱元璋在其居地设置朵颜、福余、泰宁三卫指挥使司，任用其首领为指挥使，又封儿朱权为宁王，镇守大宁，以控制兀良哈三卫，永乐七年（一四零九年），明政府设置儿都指挥使司（简称儿都司）辖黑龙江、松江、乌苏里江域及库页岛的广大地区，从永乐九年（一四一一年）至宣德八年（一四三三年），明成祖及宣德皇帝先后派遣太监亦失哈等多次巡视儿地区，并在特林修建永宁寺，先后立有《敕修永宁寺记》和《重建永宁寺记》两块石碑，记述了儿都司创建的经过及亦失哈等来此巡视的情形，可见明朝对于东北地区也一直行着辖的。

元、明时期西域的情况，一二零六年，蒙古族杰领袖铁木真建立蒙古汗国，被尊奉为“成吉思汗”（“拥有四海的君主”），不久成吉思汗率军新疆，把他征服的地方分封给次察哈台，建立四大汗国之一的察哈台汗国，四大汗国中，元帝国即元朝居于宗主国地位，元朝皇帝被尊为“大汗”

除了已经与当地原住民（属于白人）以及分吐番人、契丹人合，并于十世纪起改信伊斯兰教并译为“畏兀儿”之外，如今又收了蒙、汉、藏等民族成份，逐渐发展为近代维吾尔族，十四世纪初期，察哈台汗国开始分裂为东、西两，东包括喀什、吐鲁番一带，西以撒尔罕为中心，统治帕米尔原以西地区，今天的新疆绝大分地区在东察合台汗国统治之下，明朝建立后，西域即今新疆仍然在东察合台汗国统治之下，明朝中叶，东察合台汗国演变为叶尔羌汗国（一五一四到一六七八年）。

政府下之后，也分别设置了都护府，唐东北有“安东都护府”北边有“安北”、“单于”

等都护府。西北有“安西”、“北”等都护府。西南有“保宁”、“支南”都护府。南边有安南都护府，这都借鉴于汉代，适应了中国统一的多民族国家一步形成和巩固的需要，有着积极的历史作用。

直到清朝初年才被由瓦剌演变而来的漠西蒙古所灭，所以，明朝时期，西域地区并没有直接归明朝中央政权辖，但却在我国境内的少数民族蒙古族的一支统治之下。

直到元朝、明朝以及一七五九年清朝隆时期，中国再次控制了相当于西域的地区，并且于清朝后改名为新疆，从此新疆成为中国的行政区划之一。