,任命宁朔将军张稷为南兖州刺史。十八日,西中郎长史萧颖胄在荆州举兵起义。
十二月,雍州刺史梁王在襄阳举兵起义。十三日,任命冠军长史刘绘为雍州刺史。
永元三年(501)春正月初一,当日月相会之时加寅漏上八刻,事毕之后,宫人在阅武堂举行元会,皇后居于正位,太监们列行仪式,皇帝身着军装也来观看。初二,任命骠骑大将军晋安王萧宝义为司徒,任命新授职的建安王萧宝寅为车骠将军、开府仪同三司。初九,任命宁朔将军王珍国为北徐州刺史。十六日,皇帝来到南郊举行祠祭,下诏大赦天下,百官有正直意见只管说。
二月初二,乾和殿西厢失火。十八日,下诏遣皇帝警卫部队征讨雍州,内外实行戒严。二十一日,任命威烈将军胡元进为广州刺史。
三月初五,任命骠骑将军沈徽孚为广州刺史。十日,任命辅国将军张欣泰为雍州刺史。十三日,南康王萧宝融在江陵即皇帝位。十九日,派遣平西将军陈伯之西征。
六月,京城发水,派遣中书舍人、二县官长赈济不一。萧颖胄弟弟萧颖孚在庐陵起兵。二十六日,权且赦免江州的安成、庐陵二郡。
秋七月初一,权且赦免荆州、雍州。初二,雍州刺史张欣泰、前南谯太守王灵秀率石头文武官员护送建安王萧宝寅往朝廷而来,至杜姥宅,宫门闭,于是散去。二十七日,任命征虏将军程茂为郢州刺史,骁骑将军薛元嗣为雍州刺史。本日,薛元嗣连同郢城投降了义师。
八月初五,任命辅国将军申胄监豫州事。十九日,任命光禄大夫张瑰镇守石头。初九,任命太子左率李成士总督西讨诸军事,驻军新亭城。
九月十三日,任命李居士为江州刺史,新授职的冠军将军王珍国为雍州刺史,车骑将军建安王萧宝寅为荆州刺史。命辅国将军申胄监郢州,龙骧将军马仙王卑监豫州,骁骑将军徐元称监徐州。本日,义军到达南州,申胄军二万人从姑熟跑去归附。十七日,任命后军参军萧王贵为司州刺史,前辅国将军鲁休烈为益州刺史,辅国长史赵越尝为梁、南秦二州刺史。二十五日,李居士在新亭与义师交战,失败。
冬十月十三日,王珍国与义军在朱雀桁交战,失败。十七日,宁朔将军徐元瑜献出东府城投降。青、冀二州刺史桓和回兵来保卫皇帝,驻兵东宫。十八日,率众投降。光禄大夫张瑰放弃石头逃回宫来。于是紧闭宫城门自守。十九日,任命骁骑将军胡虎牙为徐州刺史,左军将军徐智勇为益州刺史,游击将军牛平为梁、南秦二州刺史。李居士献出新亭投降,琅笽城主将张木也投降了。义师筑起长围守宫城。