见到皮沈后,叫他到外面等候,叫来穆之问道:“你说皮沈的话不可听从,这是什么意思呢?”穆之说:“晋朝政权已失,并非一天两天的事,加上发生桓玄篡位之事,天命皇权已不属晋朝。您复兴了晋朝皇室,功高万世。既然立了大功,理应获得大位。您现今的形势,怎么能够处于谦逊退让之地而削弱自己的力量,仅作个驻守边地的将领呢?刘毅、孟昶等人,与您都是从平民而起,共举大义,本来都是想扶助晋主建功立业,以获得富贵的。事情有先有后,所以一时论功行赏,并不是命中永远注定你们有臣主之分。势均力敌,最后还是要互相火并。扬州是根本所在之地,不可以让位于他人。以前让王谧作扬州刺史,是出于权宜之道,根本不是长久之计。现在若再把扬州交给别人,您一定会受别人抑制。一旦失去权柄,就再也没有办法得到它。而您功高勋重,他人又不能控制领导您,对您怀疑耽心与害怕畏惧相交织,各种不测之事就都会发生。将来会出现的问题,现在不能不考虑到。现在朝中大臣的建议已是这样,只能委婉回答。一定要说扬州刺史非我莫属,如此又难以直言,只有回答说‘国家政治之本,宰辅位置十分重要,国家兴盛衰亡均在于宰辅,应好好考虑和挑选。这件事十分重要,不能空谈,我暂时回朝中,与大家商量’。您一回京,他们一定不敢弃您而授位给别人。”高祖听从了穆之的话,于是作了宰辅。
穆之跟随高祖征伐广固,抵抗卢循,常住在营帐中出谋划策,决定各种事情。刘毅等人害怕刘穆之被高祖重用亲近,常常谈说穆之手中权力太大,高祖反而越发信任倚仗他。穆之在外听到的看到的,事无巨细,均告诉高祖,即使是街谈巷语、笑话等小事,也都告诉高祖一些。高祖常得到民间的各种信息以显示他的敏锐,都是由于穆之的原因。穆之又喜欢宾客,家中坐客常满,安插耳目观察打听,所以朝廷内外各种观点,穆之没有不知道的。即使是亲近的人的行为,穆之也都陈奏给高祖而毫不隐瞒。有的人讥笑他,他却说:“以公的明察秋毫,将来自己也会知道,我受公之恩,理应不加隐讳,这正如张辽之所以告发关羽想叛逃一样的道理。”高祖的行为举止,穆之都加以规范。高祖书法一向不高明,穆之说:“这虽是件小事,但字迹会被四处传开,愿您稍加留意。”高祖既不能达到穆之希望写好字,又十分想改变这种状况。穆之于是说:“你只管挥笔写很大的字,一字一尺大,也不嫌弃,字大可以包容一些东西,有气势也是一种美。”高祖听从了他,一张纸只六七个字就写满了。凡穆之所推举的,高祖不接受,穆之就不甘休。穆之常说:“我虽然比不上荀令君推举好的,但我不推举不好的。”穆之与朱龄石一起处理书信,曾给高祖写回信,从天亮到中午,穆之写了一百函,龄石写了八十函,并且穆之写的都没有废弃。穆之转为中军太尉司马,义熙八年,加封为丹阳尹。
高祖西征讨伐刘毅,派诸葛长民留守府中,总管后方一切,高祖担心长民难以独当此任,把穆之留下帮助长民。加穆之为建威将军,设置佐吏,配给穆之实力。长民果真有背叛高祖之野心,只是犹豫没能发动,于是私下偷偷对穆之说:“外面谣传,都说太尉与我不平等,什么原因才闹成这样?”穆之说:“公逆流远征,而把老母幼子委托于你,如果不信任你,怎么会这样做呢?”长民思想才稍稍稳定。高祖回来后,杀了长民。义熙十年,推举穆之为前将军。供给前军府一年一万匹布,钱三百万。义熙十一年,高祖西征司马休之,中军将军道怜留守,但事无大小,都由穆之决定。提升穆之为尚书右仆射,仍如昔日一样兼任前将军和丹阳尹。义熙十二年,高祖北伐,把儿子留下作中军将军,管理太尉留守府内,调穆之为左仆射,率领监军、中军二府军司,前将军、丹阳尹仍兼任。可带仪仗护卫队五十人,出入朝廷殿堂,并迁居到东城。
刘穆之在内总理朝政,在外管理军旅事务,解决问题有条不紊,任何事情都不被耽误。常常宾客盈门,求办名类事项,朝事军事里里外外来询问禀告的人满阶满室。刘穆之眼睛看公文,手写回信;耳听别人的汇报,口中同时回答,同时处理数事不妨碍,每一件都处理得很妥当。又与不少很熟悉的客人在一起畅谈说笑长达一日或数时辰,并不觉得困倦疲累。只要有空闲时间,穆之就写写画画,翻阅文章,校定典籍。他性格豪放,吃饭一定要很大的地方,常常做十人吃的饭。穆之喜欢宾客,从未一个人单独吃饭,每到吃饭之时,都会有十多位客人,营帐中按常规安排伙食,以此为正常之事。他曾对高祖说:“穆之的家中本来贫贱,生活必需品都很缺乏。自从我跟随您以来,虽然常常想节约省俭,但每天所需的,仍稍微多了一些,除此之外,我没有一丝一毫对不起您的地方。”
义熙十三年,穆之病转沉重,皇上降诏让正直黄门郎探问穆之病情。十一月穆之去世,享年五十八岁。