之后,人民犯法更多。斩首的刑罚,本来是斩去右脚趾。汉文帝一错,沿袭而没有改变,所以前人感到遗憾,研究它们而又没有得到解决。钟繇、陈群的看法小有不同,但都希望用斩去右脚趾代替砍头。如果按他们说的去做,必然使很多人活下去。免除死亡,刑法确实是减轻了,但人们对于明显的处罚总是谨慎的,对于看不清的东西总是忽视的,忽视远方的东西,注意眼前的现象,所以古人鼎盘之上刻有箴言,把用韦玉做的弦佩带在身上,用以警戒自己细微的地方。况且小人们尤其糊涂,眼中看不见的东西,便忽视而不戒备,每日呈现在眼前的,便心惊肉跳。由此看来,犯了重罪必须处罚,犯了轻罪也不能逃避惩处。这样就可以保全人们的性命,使人口增加,仁心救人,功效显著。另外今日所可忧虑的,逃犯首先需要考虑。多次反叛的没有消除,应该让那些逃亡的人无处藏身,用以警戒还未触犯刑律的人,永远铲除罪恶的根源。至于其他的法条,应该按老刑罚来。这还谈不上适中,可贵的是窥一斑而知全豹,立一条而增进全面地改革。”
桓玄喜欢别人依附顺从于他,但是孔琳之不能这样,所以不被其赏爱。孔琳之接着升任楚台员外散骑侍郎。遇到母亲去世,离官去职。守孝期满,被任为司徒左西掾。他又以父亲退休为名辞让了。当时司马休之当会稽内史、后将军,仍以孔琳之为长史。孔琳之父亲去世,他又辞官了。守孝期满,补任太尉主簿、尚书左丞、扬州治中从事史,在任上都很称职,成绩显著。
当时要求朝中大臣谈论和陈述建议。一些人认为应该修治学校,减轻刑罚,明确职责和赏罚条例,举荐人才,重视农业,缓轻征役。孔琳之在众人建议之外又提议说:“玺书和官印,为的是明确官职真假,向人们表示它的权威。官员中没有比皇帝更大的,爵位没有比公侯更显贵的。而传国玺宝,历代连续使用。继封的文印,也是代代相传,它的可贵在于古老和沿袭,而不需要改换制造。今日只有尉官这一职务,只用一种印绶。至于朝中内外各种官职,每次升任便全部改换印绶,研究它的本来意义,我还是不能明白为什么。如果认为每个官员姓氏不同,和继承的情况不同,那么还不像不同朝代的差异。如果谈官职的尊卑,虽然公卿的官职很高贵,但没有帝王那么重要。如果因为某官曾遭受斩杀的惩罚,同时也忌讳那个官职,那么汉朝用秦朝的传国玺,保存了四百年,没有听说秦子婴因为本身被杀国破家亡,而汉帝王便没有用传国玺的。以帝王公侯如此尊贵的身份在传国玺的使用上毫无怀疑,普通的卑小官职,又为什么嫌恶前人用的官印呢?在古籍上没听说这种情况,按事推理也不合道理。反而一年到头,不断地刻印铸印,浪费工夫,消耗物质。金银铜铁的花费,简直说不清有多少,这是不能继承优良传统使政治简明易行的。我认为各个官职都各用一种印绶,不需反复改铸。如果有新设置的官,或者官员多印绶少,或者印文消失,然后才能铸造,那么上则有利于国家,不仅是小的好处。”